Brände von Windenergieanlagen sind selten. Es wird viel getan, um solche Vorfälle zu verhindern. Es gibt Temperatur- und Drucküberwachungen, Brand- und Rauchmeldesysteme, Lösch- und Blitzschutzeinrichtungen. Für jedes Windrad wird ein Brandschutzkonzept erstellt. Das Auslaufen von Betriebsflüssigkeiten wird durch moderne Messtechnik ebenfalls frühzeitig erkannt. Auffangvorrichtungen verhindern das Auslaufen von Betriebsflüssigkeiten. 

Der Gesetzgeber hat Grenzwerte für Lärm - bei Tag und bei Nacht - festgelegt, die eingehalten werden müssen. Tagsüber wird das Rauschen der Rotoren überwiegend durch andere Alltagsgeräusche, wie Straßenlärm und das Rauschen von Bäumen und Büschen im Wind, überlagert. Nachts sind die Lärmgrenzwerte noch strenger als tagsüber. Können diese nicht eingehalten werden, werden Windräder nachts abgeschaltet. Moderne Windenergieanlagen sind aber längst nicht mehr so laut wie ihre Vorgänger aus den Pionierzeiten der Windenergie.  

Der Gesetzgeber hat vorgeschrieben, dass die theoretisch maximal mögliche Schattenwurfdauer auf ein Wohnhaus 30 Minuten am Tag und 30 Stunden im Jahr nicht überschreiten darf. Für die Windenergieanlagen wird dann eine Abschaltvorrichtung vorgesehen. Dazu werden Sensoren, die die Strahlung und die Beleuchtungsstärke messen, verwendet und die Windenergieanlagen sowie sämtliche betroffenen Wohnhäuser genau eingemessen. Wird eine solche Abschaltautomatik eingesetzt, die meteorologische Parameter wie Bewölkung berücksichtigt, ist die tatsächliche Beschattungsdauer auf acht Stunden pro Jahr zu begrenzen.

Es gibt viele Gefahren für Tiere. Windräder spielen dabei nur eine geringe Rolle. Hauptursache für das Artensterben ist, dass viele Tiere durch Industrialisierung und Urbanisierung und auch durch den Klimawandel ihre Lebensräume verlieren. Die Windenergiebranche tut viel, um Windräder naturverträglich zu errichten und Lebensräume zu erhalten. Die Auswirkungen von Windenergieanlagen auf sensible Vogelarten werden im Zuge der Planungsphase umfassend untersucht. Grundsätzlich kann man sagen: Windräder sind nicht die Ursache für ein vermehrtes Artensterben. Ein Beispiel: Schätzungen gehen von 150.000 toten Vögeln an deutschen Windrädern pro Jahr aus, so genannte Schlagopfer. Zum Vergleich: Durch Straßen- und Bahnverkehr sterben in Deutschland jährlich ca. 70 Mio. Vögel, durch Hauskatzen 20 bis 100 Mio., und an Glasscheiben verenden jedes Jahr mindestens 100 Mio. Vögel. Wildtiere am Boden werden kaum durch Windenergieanlagen beeinflusst bzw. gewöhnen sie sich sehr schnell an die veränderte Umgebung.

Um Investitionen in Wind- und andere erneuerbare Energieanlagen überhaupt attraktiv zu machen, war eine Einspeisevergütung für den erzeugten Strom nötig. Die Alternative wäre gewesen, konventionelle Kohle- und Atomkraftwerke einfach weiterlaufen zu lassen. Die Einspeisevergütung ist also ein wichtiges Instrument zur Förderung der Energiewende, ihre weitere Notwendigkeit wird regelmäßig überprüft und ist daher auch häufig Gegenstand von wissenschaftlichen und politischen Debatten. Untersuchungen zeigen, dass erneuerbare Energieanlagen, insbesondere in Kombination mit Speichern, heute bereits in der Lage sind, Strom günstiger zu produzieren als konventionelle Kraftwerke.
Die Einspeisevergütung wurde bis 2022 über die EEG-Umlage finanziert, die jeder Verbraucher mit der Stromrechnung bezahlt hat. Die EEG-Umlage wurde abgeschafft, um Verbraucher zu entlasten. Die Finanzierung der Einspeisevergütung für erneuerbare Energieanlagen erfolgt nun über den Klima- und Transformationsfonds der Bundesregierung. Dabei handelt es sich um ein Sondervermögen zur Erreichung der Klimaziele. Der Klima- und Transformationsfonds wird hauptsächlich durch Einnahmen aus der CO2-Bepreisung und dem Europäischen Emissionshandel finanziert. 

Die Gefahr durch Eis an Windenergieanlagen ist sehr gering. In Deutschland sind bislang keine Schäden durch Eiswurf bekannt. Unterschieden wird zwischen Eisabfall und Eiswurf. Eisabfall bezeichnet herabfallendes Eis an einer stillstehenden Windenergieanlage. Hinweisschilder warnen davor. Der Bereich unter dem Windrad sollte bei entsprechender Wetterlage nicht betreten werden. Beim Eisabwurf wird Eis durch die sich drehenden Rotorblätter abgeworfen. An einer Windenergieanlage in Betrieb kann sich kein Eis bilden. Nach einem Stillstand darf die Windenergieanlage bei Eisbildung deshalb nicht angefahren werden. Dafür sind die Anlagen mit Eiserkennungssensoren ausgestattet. 

Seit 2021 gibt es eine neue bundesweite Regelung zur so genannten Gewerbesteuerzerlegung. Die Gewerbesteuer für Solarparks und Windenergieanlagen wird zu zehn Prozent nach dem Verhältnis der Arbeitslöhne und zu 90 Prozent nach dem Verhältnis der installierten Leistung zwischen der Gemeinde, in der der Anlagenbetreiber seinen Sitz hat, und der Gemeinde, in der die Windenergieanlagen stehen, verteilt. Das heißt: Mindestens 90 Prozent der Steuern verbleiben in der Gemeinde, in der die Windenergieanlagen stehen. 

Windenergieanlagen werden manchmal trotz Wind abgeschaltet. Dafür gibt es verschiedene Gründe: 1.) Das Stromnetz muss vor Überlastungen geschützt werden. 2.) Bei negativen Strompreisen an der Strombörse müsste der Betreiber draufzahlen und drosselt dann die Leistung. 3.) Wartungs- und Reparaturarbeiten an Windkraftanlagen. 4.) Bei Sturm werden Anlagen zum Eigenschutz abgeschaltet. 5.) Auch Emissionsschutzgründe führen zu Abschaltungen, bspw. nachts zur Reduktion von Schallemissionen oder bei Schattenwurf von mehr als 30 Minuten pro Tag auf ein Wohnhaus. 6.) Für den Artenschutz können auch Abschaltungen nötig sein, z.B. zum Schutz von Fledermäusen eine Stunde vor Sonnenuntergang bis eine Stunde nach Sonnenaufgang. 7.) In der Nähe von Flugplätzen ist es erforderlich, Windenergieanlagen abzuschalten, wenn sich ein Flugzeug nähert. 8.) Zum Schutz von benachbarten Windenergieanlagen ist es bei bestimmten Windrichtungen und Windgeschwindigkeiten erforderlich, einzelne Windräder abzuschalten, um Verwirbelungen zu vermeiden.